玄烨大帝亲自统军出长城攻击，皇子胤礻是担任先锋，到达乌兰布通，发现准噶尔兵团的主力——驼城。驼城是弓箭战争时代的产物，把骆驼的四脚绑住，卧倒在地，加上木箱和用水湿透了的毛毯，即成为可以阻止骑兵冲突的坚强堡垒。但如果用来对抗新武器大炮，就太落伍了。胤礻是用炽烈的炮火轰击，骆驼大半死掉，驼城崩溃，噶尔丹可汗乘夜向西撤退。
可是噶尔丹已无法摆脱恶运，他的侄儿即索诺木阿拉布坦的弟弟策妄阿拉布坦，在汗国的首都伊犁（新疆伊宁）宣布即位，下令通缉弑君篡位的叛逆噶尔丹。噶尔丹撤退到科布多城后，不能再西进。他向俄国求援，愿作俄国收复雅克萨城的先锋。俄国因跟中国刚签订了《尼布楚条约》，所以对噶尔丹的提议，不作回答。
噶尔丹不是容易屈服的人物，他驻屯科布多整补训练，五年后的九十年代一六九五年，作最后的冲刺，跟遥远东方三千公里外，嫩江河畔的内蒙古科尔沁部，秘密结盟，向喀尔喀部（外蒙古）发动夹击。他希望用闪电战术一举消灭喀尔喀部，重新控制内蒙古，建立他的新汗国。当噶尔丹再度进攻，东进二干余公里，抵达克鲁伦河时，中国三路迎击的大军早已进入攻击的位置。次年（一六九六），玄烨大帝亲自北上一干公里，到克鲁伦河畔的车臣汗牙帐（蒙古温都尔汗），指挥作战。噶尔丹望见了中国皇帝的黄龙大旗，才发现被科尔沁部出卖，中了中国的诱敌之计，他急令撤退，用最迅速的方法脱离中国东路和中路两个兵团，日夜奔驰二百五十公里，到了库伦（乌兰巴托）东南三十五公里的昭莫多，正在庆幸终于脱险之际，却不知道恰恰进入中国西路兵团司令官（抚远将军）费杨古的口袋阵地。噶尔丹大败，他的妻子阿奴皇后跟她的丈夫一样的勇敢善战，她身穿钢盔铜甲，率领精兵突围，死于巨炮的轰击之下。噶尔丹虽全军覆没，仍拒绝投降。他退守科布多，但已不能再组织一支战斗部队。明年，却本世纪（十七）最后第三年（一六九七），他服毒自杀。喀尔喀三汗部仍回外蒙古故地，不过形势已经不同，外蒙古和噶尔丹辖下的科布多、乌梁海两地区，面积共一百八十万平方公里的土地，自此纳入中国版图。