怯薛和侍卫亲军虽然都是中央宿卫军队，但在职能上有明确分工。怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和斡耳朵的防卫，一般不外出作战。侍工亲军则既要负责元朝两个都城大都和上都的安全以及“腹里”地区的屯守，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去作战。
隶属关系上二者亦不相同。怯薛由怯薛长掌管，直接听命于皇帝。侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫、后宫卫军外，均隶属于专掌军政的枢密院之下。兵员征集上的差异也很明显。怯薛成员主要来自蒙古各部，侍卫亲军士兵则不仅来自中原、江南的汉军、探马赤军和新附军，原来附籍在蒙古军中的色目人和流亡的蒙古子女等，亦是重要来源。
按照元廷的规定，充当侍卫亲军的必须是精锐士兵，总人数在二十万至三十万之间，其中汉人士兵约占三分之二。因此侍卫亲军成为元军的中坚力量，取代了蒙古国时期怯薛作为全军“大中军”的军事地位。但是随着大宋的灭亡及大规模战事的结束，侍卫亲军的军事职能也随之减弱。
所以侍卫亲军的职能除了保卫京师、参加重要战事外，又多了项屯田的工作。而侍卫亲军的屯田声势浩大，在元帝国很多地区都有，其中侍卫亲军在两都之间的屯田很重要，规模也很大，朝廷为其拨发牛、种、农具，设立屯田官管理，进行水利设施建设，可奇怪的是效益却不好，不但无法满足各卫军储供给，还时常需中央的赈济，拨付部分军饷。
国家给付生产工具，又有大量的廉价的劳动力，可收入不够支出，放在今天人眼里绝对是不可思议的，但曾在西北统军的玉昔帖木儿十分清楚其中的门道。蒙古在成吉思汗时期就确立了军政合一的千户制，属民战时上马为兵，平日下马为民。千户制的好处很多，而最重要的却是省钱，国家平日无需出钱养兵，战时士兵也是自带武器、马匹、装备，基本上没有投入，可以节约大量的国家资金，缓解财政压力。
在元朝建立后，忽必烈虽然对军制进行了革新，可依然沿袭了这种制度，形成了新的军户制。蒙古军作为国家的精锐，在大规模战事结束后，大部分返回草原，遇到战事，依然是传檄召集，拉出来作战。组建侍卫亲军基本使用了两种不同的方式。
一种是根据军事或者政治的需要，由朝廷下令在指定军队内选调精锐士兵，集中到京城，编组成侍卫亲军；这里面也包括从原有的卫军组织中分编出新卫的建置。汉人卫军和蒙古卫军的编组多采用此种方式；另一种是皇帝授权给某个有功之臣，由他来征集同族人或同类人，编组成新的卫军；色目卫军的组建多采用这种方式。
前一种方式显然是受到中原传统军事制度的影响，在中原立国的王朝大多从地方选军入卫京师。后一种方式则是受到早期蒙古军事制度的影响，用编组蒙古千户的形式编组侍卫亲军，有功之臣可以自己征集下属并实施管理。
但是由于侍卫亲军中编入了大量的汉军，难以如蒙古等游牧民族一样的生存方式，需要大量的粮草补给和挣钱养家，所以需要‘养’，朝廷便制定了相关政策发放军饷，还有临时补贴、战时津贴和战功奖励。比如“出差”，像押运饷银、抓捕逃犯之类的，都算“出差”，就有的补贴，官兵有红白喜事也有国家补助，战时津贴则包括开拔前后给的行装费、盐菜口粮等杂项，打仗的时候，士兵的收入可以达到平时收入的数倍左右。
这一切在玉昔帖木儿来看，朝廷的整个行为逻辑从根本上讲，其实并没有把侍卫亲军当‘兵’来养，而是当做‘看家狗’看待，平时喂剩饭，战时扔骨头，再对奸淫掳掠睁一只眼闭一只眼，就能对付天下的‘乱民’了，至于说国防，那是不必考虑的，反正天朝有一副庞然巨兽的大架子，一般人还真不敢挑战它。而国家也不会掏钱白养着，那么就让他们屯田实现自给，以便废物利用。
而玉昔帖木儿却看得很清，，任何一个政治集团都存在内部的分层，上层贵族由于拥有诸多政治、经济特权可以有效变现。侍卫亲军中同样如此，作为统治阶层的蒙古人和特权阶层的色目人可以恣意妄为，夺占屯田、侵占公产，奴役手下的官兵。而侍卫亲军的底层汉军官兵，在朝廷军户制的约束下无力脱身，在上层的剥削下日渐贫困。
都说‘学好一辈子，学坏只需三天’，蒙古人在大规模战争结束后，走向安定后，迅速腐化堕落，克扣军饷、喝兵血这些把戏可以说是无师自通，此外还有‘国家认可’的合法克扣等手段。他们可以养马为名，要求全体官兵‘众筹’，每月按照额定数目扣除。这项银两存储营中，以备买马之用。买补马匹余剩款项，年终报兵部核明，送户部充饷。
另外按照当时的历法，岁有闰月，也就是说有时一年会有十三个月的现象出现，那么就要多发一个月的军饷，可朝廷觉得这样按月发工资就亏了，于是便让让军官和士兵拿出自己的工资来“买保险”……换句话说，国家无论一年几个月，只发事儿个月工资……这真不是一般的教条和“节俭”了。
如果这些算是‘合法’的国家克扣，侍卫亲军的官兵还要面临各级将领们的克扣，这部分就是违法的，可也最是根深蒂固的，办法还很多。比如在将领在本部队放债，直接扣发军饷