军机处参考雍正朝设置，现在初立工作相对较少，按照赵昺的设想由三位臣僚协理，由大学士、各部尚书、侍郎、督抚等三品以上官员奉特旨充当，均为兼职，其数无定额，任期无限止。下有负责撰拟旨谕的和管理档案的帮办若干名。他们同样皆为兼职，由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充；凡承旨入值军机处的官员，仍为原衙门的实缺并照例升转。也就是说大家都是‘借调’军机处工作而已。
军机处是应对战事的机构，但战争并不只是涉及军队，还会牵扯到方方面面，因而协理之人不仅要熟知军务，还要通晓政务，当然也是信的过的人。赵昺经过考虑，觉得还是应节严贴心，其治理军政皆是好手，且经验丰富，正是不二人选。
但老头儿毕竟年纪大了，不能靠其一人担起全部工作，因而赵昺选定的第二人是琼州的提点刑狱高应松，此人对大宋忠心不二，做事雷厉风行到琼后就将涉及刑狱之事处理完毕，绝对是干臣；另一位是吏部尚书陈仲微，岁数虽也大点儿，不过其在资历也深，为官清正，又熟知朝廷中的官员情况，也比较合适。至于那些帮办，赵昺则授权三人在朝中挑选，而他也将林之武、蔡乔和蔡若水三人放入其中加以锻炼。
公务处理的具体流程，赵昺也做了规定，每日寅时协理大臣前往宫中面见皇帝，聆听对军务的处理意见，成为‘承旨’；皇帝在征询协理大臣对事务的意见后下达指示，协理大臣回到军机处，将皇帝的意思转述给帮办们；帮办立刻‘拟旨’，然后协理大臣拿着拟好的御旨，再回宫中报呈皇帝批准，一来一去间事务处理完毕。
协理大臣每日承旨后，留一人在值房轮值，两日一换班。以其中一人为首，称作总理事，当前非应节严莫属了；帮办分成左右两班轮流值守，日夜不可离开，即便是节日也不能离开。现在每班暂编十五人，由协理大臣任命其中一人为主办，一人为同知，平日由他们带领帮办们工作。
赵昺追求高效，而对军机处工作人员的要求就三个字：勤、速、密。勤当然就是勤快，当天的事情必须当天处理完成，决不许拖到次日；速就是有事要迅速通报给皇帝，报告要言简意赅，能用一个字的绝不准多说一个字。无论事情多复杂，一定在三句话内讲完，免得皇帝再问。批文封好后，就会加盖军机处大印，并写明驿递日行里数，交给兵部发驿马传递，决不许拖沓；密自然是要保守秘密，军机处片纸不得带离，话一字不能透露给外人，王公贵族，宫女内侍皆不可入内，若是泄露定当严惩。
当然除了这些人还有警卫和杂役，负责军机处的安全和照顾他们的生活。警卫有侍卫营中遴选，忠心嘴严是最基本的条件，且要有六亲不认的工作态度，即便是皇帝没有腰牌都不能进入其中。而杂役皆出自内侍省的小黄门，年龄要求十四岁以下，都是不识字的文盲，岁数一到立刻离开，隔离一年后再另做任用。至于伙食皆由宫中膳房供应，以防止有人夹带消息出宫……
“唉，自己这个皇帝当的真够失败的，连这点事儿都没搞明白，瞎担心了。”大朝会过后的次日清晨，赵昺早早便起来了，洗漱更衣准备上朝，却惹得上下莫名其妙，他马上意识到哪里出了问题。赶紧将王德叫过来一问，才知自己前世又被那些狗p导演拍的帝王影视剧给骗了，闹了个大笑话。
赵昺本以为当皇帝除了生病或是偷懒才会不上朝，而天天不朝的皇帝都是昏君，却不清楚皇帝真的不用天天上朝的。
在大宋朝会基本分成三种：大朝会，元日和冬至日举办的大朝会，最隆重，需要有大陈设，展宫悬鼓吹，陈车辂舆辇，皇帝是必须到的，且要服衮冕，御舆以出，曲直华盖，警跸侍卫如常仪，接受群臣客使朝参礼贺；在就是朔望朝会每逢这两日群臣要上殿朝见，皇帝一般也要出席；另外就是常朝，朝廷各司的朝官，每五天一次赴上殿朝见，因此也被人戏称为“六参官”。而常朝是更多是礼仪性质的，可由宰相主持，带头向御座行礼，一般不会处理政务，大事都是在朝会之后执政们一起议事。
常在古装戏剧中出现的君臣在朝廷上问答的场景，其实就是演的就是开朝会。而这种朝会一般都是在进行重要的人事任免和重大的工作安排、典章颁布时，皇帝才会开。有资格参加朝会的都是相当于今国家领导级别的三公、九卿，即便扩大化最低也得是副厅级的正五品官员，绝不会出现影视剧那种排着大队，依此进殿上朝的场面。而这种情形也只能在此种情况下出现，因为即便是今日的故宫太和殿也装不下这么都人同时进去上朝，更不要说天天如此了。
其实除‘法定起居日’外，早朝的常态是每天早晨，文武百官须先到待漏院等候，上殿之前先在殿门之外文武东西相向分两行列队，新任命及将辞职的官员站在南边。站好后御史台官员巡检一过，如没发现衣冠不整，位置不对的现象，便与巡使首先登殿，然后文武官员依班序鱼贯而入。殿门打开后，入殿立班，除有旨免常朝及值夜班的官员外，一律不得缺席。
站班完毕后宰相率领少数大臣前往便殿向皇上奏事，众官仍呆在殿中静候。奏事毕，宰相返回，在引赞官的带领下，走到押班的位置上，西向立定，率百官虚拜前